NCC(日本基督教協議会)の働きのほとんどが東京を中心に展開されている中で、宗教研究所は事務所を京都において、関西を中心をして展開してのには歴史的な理由があります。

​１９５９年、スカンディナヴィア・ミッションが京都修学院に事務所を置いていた「諸宗教研究所」の働きを、日本基督教協議会に委ねました。初代所長であった同ミッションのハーリー・トムゼン宣教師帰国の間、関西学院大学の小林栄氏が代理をつとめられ、同ミッションが静岡に本部事務所を移された１９６２年から有賀鉄太郎氏、１９６５年から土居真俊氏が所長の任にあたられました。以来、所長あ外のスタッフも同志社大学と関西学院大学の方たちから選ばれ、理事会も関係する各教派教団の京都近辺の教会関係者で構成しています。

スカンディナヴィア・ミッションがなぜ京都に「諸宗教研究所」を置いたのか、また日本の教会にその働きが委ねられ「NCC宗教研究所」となったのちも京都を中心に展開されているのかについては、おそらく、特に仏教教団初秋はの本部が京都を中心とした関西に集中しているからであったと思われます。

今私たちは、政治的に危機的な問題を抱えています。平和についてもさまざまの議論に揺れ動きます。また、超高齢化をいわれる社会、そして６人に１人の子どもたちが貧困の中にいるという経済の不均等があり、天災人災もあります。そのような現実のなかで、宗教はどうこたえていくのか、が問われています。また、今日に宗教は必要かという鋭い問いもあります。

​宗教研究所の使命として、これらの課題をひとり基督教の問題としてではなく、諸宗教の方々との対話のなかで考えていかねばならない、と願っています。